《规划》指出，福建自贸试验区的产业发展目标是：到2019年，在深化两岸交流合作和21世纪海上丝绸之路核心区建设的重点领域和关键环节取得突破，培育形成一批具有国际竞争力的现代服务业和高端制造业产业集群，自贸试验区经济总量和质量迈上新水平，基本建设区域性国际航运物流中心、区域性国际贸易中心、两岸金融服务中心、两岸新兴服务业合作示范区、国际休闲旅游目的地和两岸高端制造业基地。
《规划》提出重点发展商贸服务、航运服务、现代物流、金融服务、新兴服务、旅游服务和高端制造七大产业集群——
商贸服务业方面，发展商品交易、保税展示交易、跨境电子商务、离岸和转口贸易和国际企业总部;
航运服务业方面，发展港口服务、国内外中转服务、基础航运服务、高端航运服务和厦门空港综合服务;
现代物流业方面，发展国际中转物流、港口综合物流和对台专业物流;
金融服务业方面，发展跨境金融、航运物流金融、贸易金融、互联网金融和融资租赁;
新兴服务业方面，发展制造服务、服务外包、专业服务、文化创意、会展服务和社会服务;
旅游服务业方面，发展邮轮旅游、文化旅游、滨海旅游、健康养生、旅游商贸和体育竞技;
高端制造业方面，发展电子信息、智能装备制造、海洋生物及医药。
《规划》明确三个片区产业发展的空间布局——
平潭片区布局港口经贸区、高新技术产业区和旅游商贸休闲区3个功能区。着力打造对台投资贸易自由先行区、服务台胞生产生活示范区、两岸高端制造业融合发展平台和国际旅游岛，并逐步向国际自由港拓展;
厦门片区布局两岸贸易中心核心区、东南国际航运中心海沧港区2个功能区。着力打造东南国际航运中心、两岸贸易中心、两岸区域性金融服务中心及新兴产业和现代服务业合作示范区;
福州片区布局福州经济技术开发区和福州保税港区2个功能区。着力打造面向国际的先进制造业基地、21世纪海上丝绸之路沿线国家和地区经贸合作的重要平台、两岸服务贸易合作示范区、两岸金融创新合作示范区。
《规划》梳理了一批平潭、厦门、福州三个片区近期推进实施的重点项目，共7大类56个，投资总额776.86亿元。这些项目力争在两三年内基本完成。