《意见》提出，今后一个时期，平潭开放开发要进一步突出对台特色，深化对台交流合作，为两岸关系和平发展增添新活力;进一步完善发展思路，转变发展方式，推动平潭经济社会健康可持续发展，为全省经济转型升级提供新经验;进一步解放思想，开拓创新，积极探索自由港建设，为全面深化改革扩大开放探索新途径。
《意见》强调，新阶段平潭开放开发要坚持立足对台，全方位开放：从促进两岸关系和平发展的战略高度来谋划推进，着力打造两岸新兴产业区、高端服务区和宜居生活区，正确处理对台合作和全方位开放的关系。要坚持科学规划，分步实施：在发展步骤上，从全面规划、全面布局、全面建设基础设施转向重点建设、重点区域、重点产业。要坚持产业为先，循序渐进：在工作重点上，从基础设施建设更多转向产业培育和发展，实现平潭可持续发展。要坚持先行先试，改革创新：做到资金投入和体制机制创新两手抓，发挥好两岸交流合作的“试验田”作用和全面深化改革的“排头兵”作用。要坚持政府引导，市场主体：加快构建多元化的投资格局，推动政府职能转变，率先建立法治化、国际化营商环境。
《意见》提出，今后5年平潭综合实验区的主要目标是，实验区GDP、全社会固定资产投资、财政总收入等指标年均分别增长20%、20%、30%，城乡居民收入和基本公共服务水平超过全省平均水平。初步形成与国际投资贸易通行规则相衔接的基本制度框架，在两岸交流合作和对外开放中的作用进一步显现。
《意见》指出，平潭综合实验区发展的主要任务是：
深化对台交流合作。推动实现与台湾投资、贸易、人员往来便利化，建设新兴产业区，建设高端服务区，建设宜居生活区。
加大产业培育力度。做大做强做优产业，优化产业布局，构建产业发展的促进体系。
加快改革开放步伐。创新行政管理体制，创新开放型经济发展模式，创新投融资体制机制，构建集聚人才的良好机制。
着力提升开发建设和管理水平。加大重点区域开发力度，建设生态示范城市，建设“平潭智慧岛”，强化规划科学性严肃性，规范和改革土地管理体制。
完善基础设施建设。着力解决基础设施瓶颈问题，坚持高标准建设基础设施，加快事关群众利益的社会公共设施建设。
《意见》要求，各级各有关部门要加强组织领导、政策支持、法制保障、干部队伍建设、廉政建设和宣传引导，进一步统一思想、坚定信心，凝聚合力，全力推进平潭开放开发。