根据办法,重点流域生态补偿金主要从流域范围内的43个市(含市辖区)、县政府及平潭综合实验区管委会集中,省级政府增加投入,积极争取中央财政转移支付,逐步加大流域生态补偿力度;水质指标为补偿资金分配的主要依据,水环境综合评分占70%权重,同时考虑森林生态保护和用水总量控制情况。对发生重大水环境污染事故的市、县,每次将扣减该市、县年度生态补偿资金的20%;分配到各市、县的流域生态补偿资金由各市、县政府统筹安排,主要用于饮用水源地保护、城乡污水垃圾处理设施建设、畜禽养殖业污染整治、企业环保搬迁改造、水生态修复、水土保持、造林防护等流域生态保护和污染治理工作。