福州海关推出的4项全国首创举措分别是——
支持在福建自贸试验区福州片区、平潭片区开展对台海运快件业务，协助地方政府完善海运快件监管软、硬件设施。福州海关制定了《闽台海运快件操作办法(试行)》，目前已率先在平潭片区试点运行该措施，截至5月底，共办理进出境快件952票，货值33.5万元人民币，总货运量5857.9公斤。
建立对台原产地证书核查机制，即对ECFA项下不符合签发规范、提交规范的证书与台湾签证方就真实性、有效性开展核实。海关总署将负责核查对台原产地证书的事权下放，独家授权福州原产地管理办公室开展核查，从5月4日起实施这一举措以来，至5月底已办理核查报关单21票，平均每票节省通关时间72小时。
简化CEPA及ECFA原产地证书提交需求，即对海关已收到出口方传输的相关原产地证书电子数据的，无需再提交纸质证书。该措施同为海关总署单独赋予福建自贸试验区的创新举措，自5月5日公告实施以来，至5月底，福州海关在福建自贸试验区内共计办理涉及ECFA项下汽车零部件、化工产品等台湾货物的报关单55票、货值234.49万美元，为企业减免税款244.43万元。
放宽直接运输判定标准，即在福建自贸试验区内申请享受ECFA优惠关税待遇的进口货物收货人或其代理人，货物经第三方中转无法提交相关证明文件时，海关可采用验核集装箱号及封志号的方式判定经第三方中转货物是否符合直接运输要求。此举节省了企业为获取相关证明文件而往返奔波产生的费用和时间，自5月5日公告实施以来至5月底，福州海关共计办理涉及ECFA项下货物报关单45票、货值307万美元，减免税款238万元。
福建检验检疫局实施的3项全国首创举措分别是——
建立跨境电商检验检疫高效便捷监管模式，即指从事跨境电商业务的进出口企业、电商平台企业、仓储企业及其经营的商品向检验检疫机构备案，后由代理商或进出口企业统一申报，检验检疫实施集中查验，代理商或企业确定订单信息后分批核放，并予以事后监管的工作模式。目前，福建局已在平潭片区进口奶粉、婴儿纸尿裤等跨境电商货物实施该模式，最大限度实现安全卫生基础上的便捷高效，方便消费者。
台湾渔船自捕水产品入境申报免予提交台官方主管部门出具的有关检验检疫证书。今年初以来，福建局共检验检疫进口台湾自捕水产品652批，货值816万美元，通过采取上述措施等便利举措，最大限度简化手续，促进两岸水产品扩大贸易。
对进入中国—东盟水产品交易所进境水产品采取“统一申报、集中查验、分批核放”模式，即允许由交易所或指定的代理人先行统一办理报检手续，准予货物先入库后查验，根据企业确定订单信息后予以分批核放。福建自贸试验区挂牌以来，福建局在马尾进口冷冻水产品集中查验区共监管进口冷冻水产品462批、3.2万吨、3222万美元，有效提高了通关效率。
厦门片区推出的创新举措为启动建设全国首个两岸青年创业创新创客基地。基地规划经过1-3年运营，吸引超过500家台湾创业企业或中小企业进驻基地有效运营，预计超过5000名两岸青年从业者在基地内就业创业，基地目标营业总收入超100亿元人民币。基地将打造成为两岸青年创业乐园，形成厦门移动互联网和电子商务企业的聚集区，发展成为全国具有一定影响力的两岸青年创客空间。